Die energetische Nutzung von Abfall- und Reststoffen schneidet hinsichtlich ihrer ökobilanz gegenüber den fossilen Treibstoffen am besten ab, da einerseits die hohen Belastungen aus der Rohstoff-Bereitstellung wegfallen und andererseits Umweltemissionen aus der Abfallbehandlung reduziert werden können.

Treffender sollte jedoch der Begriff Agrotreibstoffe verwendet werden, denn mit "Bio" haben diese Produkte nichts zu tun. Die Energiepflanzen sind weder biologisch hergestellt, noch sind sie umweltverträglich. Im Gegenteil, ihre Produktion trägt zur Abholzung von Regenwald, zu Vergiftung von Böden und Wasser sowie zur Reduktion der Biodiversität bei. Der Begriff Agrotreibstoffe verweist darauf, dass es sich vor allem um ein Produkt der Agrarindustrie handelt.

Synthetische Biokraftstoffe BTL ("Biomass to Liquid") sind Treibstoffe aus Biomasse der zweiten Generation. Sie werden aus u.a. Holzabfällen, Waldrestholz, Altholz oder aus Holzmasse hergestellt, welche eigens für diesen Zweck produziert wurde (Holzhackschnitzeln aus landwirtschaftlichen Schnellwuchsplantagen). Die benötigte Biomasse steht unmittelbar nicht in Konkurrenz zur Nahrungsmittelproduktion. Biokraftstoffe der ersten Generation wie Bioäthanol haben schwerwiegende soziale und ökologische Nebenwirkungen, da ihre Rohstoffe (Mais, Raps, usw.) auch zur Lebensmittelproduktion eingesetzt werden können.